В чём отличие? Объясню (как я понимаю) на примере ярлыка "Корзина". На системную иконку "Корзина" можно перетащить файл и он окажется в корзине. С ярлыком такое не пройдёт, вы получите сообщение об ошибке. Иконка ярлыка не меняется в зависимости от того пустая корзина или полная. Вы не сможете очистить корзину кликнув правой кнопкой мыши на ярлыке, подобного пункта в контекстном меню ярлыка нет.
Но кликнув по ярлыку, вы попадаете в каталог "Корзина" файлового менеджера pcmanfm, для этого ярлык и нужен.

*Начиная с Lubuntu 14.04 (или раньше?) "Корзина" уже нормальная системная иконка.
Итак.
Кликаем правой кнопкой мыши по рабочему столу, в контекстном меню выбираем пункт "Создать новый", далее "Пустой файл". Назовём его trash.desktop и вставим следующий текст.
Для ярлыка "Корзина":
Код: Выделить всё
[Desktop Entry]
Type=Application
Icon=user-trash
Name=Trash
Name[ru]=Корзина
GenericName=Trash
GenericName[ru]=Корзина
Comment=open trash in PCManFM
Comment[ru]=Просмотр корзины
Categories=FileManager;Utility;Core;GTK;
Exec=pcmanfm trash:///
StartupNotify=true
Terminal=false
MimeType=x-directory/normal;inode/directory;
Код: Выделить всё
[Desktop Entry]
Type=Application
Icon=system-file-manager
Name=File Manager
Name[ru]=Файловая система
GenericName=File Manager
GenericName[ru]=Файловая система
Comment=Browse the file system and manage the files
Comment[ru]=Просмотр файловой системы и управление файлами
Categories=FileManager;Utility;Core;GTK;
Exec=pcmanfm /
StartupNotify=true
Terminal=false
MimeType=x-directory/normal;inode/directory;
Код: Выделить всё
[Desktop Entry]
Type=Application
Icon=gnome-fs-home.svg
Name=Home Folder
Name[ru]=Домой
GenericName=Home Folder
GenericName[ru]=Домой
Comment=???
Comment[ru]=Переход в домашний каталого пользователя
Categories=FileManager;Utility;Core;GTK;
Exec=pcmanfm
StartupNotify=true
Terminal=false
MimeType=x-directory/normal;inode/directory;
PS
В тексте ярлыка "Домой" в поле "Comment" есть вопросы - не знаю чего писать.
Почти всё можно менять на свой вкус.
Хотелось бы услышать (увидеть), чем отличаются параметры "Name" и "GenericName".
Хотелось бы услышать (увидеть), для чего служит параметр "MimeType".
Это how-to не закончено, дописывайте то, что сочтёте нужным.